Fluiten in het algemeen behoren tot de oudste muziekinstrumenten en werden al in de prehistorie aangetroffen. Veel culturen kennen hun eigen varianten zoals de dvojnice uit Dalmatië, een dubbelfluit. Er zijn principieel twee manieren van aanblazen: recht via een mondstuk, de bekfluiten, en dwars zonder mondstuk, de dwarsfluiten, waartoe bijvoorbeeld ook de panfluit behoort. Beide versies hadden waarschijnlijk oorspronkelijk een vingerzetting gebaseerd op zes vingergaten, zoals dat vandaag de dag bij de Ierse tin whistle nog steeds het geval is. Ook de traverso zoals deze vóór de uitvinding van de moderne dwarsfluit door Theobald Böhm gebouwd werd, was op dit ontwerp gebaseerd.

De echte blokfluit onderscheidt zich van het ontwerp met zes gaten doordat ze een duimgat voor de linkerduim bezit en veelal een achtste gat voor de rechterpink. Dit ontwerp is duidelijk een stuk jonger. De voorlopers van de moderne blokfluit stammen mogelijk uit de 14e eeuw. Zij worden echter pas echt, en dan ook uitzonderlijk, populair vanaf 1500. Dit hing samen met de opkomst van de gegoede burgerij en de verspreiding van muziek in gedrukte vorm

In 1511 en 1535 verschenen de eerste boeken over de blokfluit respectievelijk geschreven door Sebastian Virdung en Silvestro Ganassi.

De populariteit van het instrument bleef voortduren tot aan de 19e eeuw. In het grote orkest van die dagen, met muziek die sterk moduleerde naar moeilijk te spelen toonsoorten, was geen plaats meer voor de blokfluit.